柑橘树常见的传染性病害主要有黄龙病、溃疡病、衰退病、裂皮病、碎叶病、萎缩病、疮痂病、炭疽病、树脂病、脚腐病，流胶病、烟煤病、苗期立枯病、根结线虫病等。

柑橘贮藏期常见的传染性病害主要有绿霉病、青霉病、褐色蒂腐病、黑色蒂腐病、黑腐病、酸腐病等。

柑橘常见的非传染性病害主要有缺素症（缺氮、缺钾、缺钙、缺镁、缺硼、缺锌、缺锰、缺铁、缺铜、缺铝）、元素中毒症、自然灾害损伤（水害、旱害、冻害、霜害、冰雹创伤等）、外界环境不适症（如雾害、风害、光害、日灼病、裂果病、枯水病等）、机械损伤症（如油斑病）：大气污染症等。